Trong ngôn ngữ, Alligator được dịch từ tiếng Tây Ban Nha là el lagarto có nghĩa là thằn lằn, sau đó đánh vần ra tiếng Anh là allagarta và alagarto.[2] Alligator đôi khi được dịch là cá sấu Mỹ, tuy nhiên điều này không đúng, do dễ bị lẫn với Cá sấu Mỹ có tên khoa học là Crocodylus acutus. Một điều gây nhầm lẫn là ở miền bắc Úc đôi khi người ta gọi cá sấu nước mặn là alligator (cá sấu alligator) trong khi nó không phải là như thế và loài cá sấu nước ngọt nhỏ hơn thì gọi là crocodile (cá sấu).

Điều này có lẽ là do cá sấu nước ngọt có mõm dài nhìn rất giống cá sấu sông Nin thu nhỏ, trong khi cá sấu nước mặn có thể rất giống với cá sấu alligator Mỹ ít nguy hiểm hơn nhiều. Vì thế khi người Úc nói Alligator Rivers để chỉ cá sấu ở vùng lãnh thổ phía bắc thì trên thực tế nó là cá sấu nước mặn. Đây là giải thích cho việc những người Mỹ đôi khi cho rằng cá sấu alligator là những động vật nguy hiểm chứ không phải cá sấu.